Recomendo que faças isso com grupos em vez de referências para pastas. No entanto se quiseres usar referências para pastas, primeiro crias as pastas no Finder depois adicionas a pasta ao XCode com a opção "Add Files To ..." (botão direito em cima do item onde queres que os ficheiros fiquem) e escolhes a pasta (apenas) que queres adicionar. Desmarca a opção para criar grupos e a opção para criar cópias (vais mover os ficheiros depois). Com as pastas adicionadas ao XCode, arrasta o ficheiro que queres para a referência da pasta (pode ser no XCode ou no Finder), a partir deste momento quaisquer alterações no Finder serão refletidas no XCode.
Vais perder a capacidade de referenciar recursos apenas com o nome, tens de indicar o caminho completo (a partir da raiz do projeto), com todas as pastas, para todos os recursos que queres usar.
Em alternativa podes usar grupos que são apenas lógicos (só existem no XCode) e configurar os grupos de acordo com a estrutura de pastas que tens, se necessário. Ao criares um novo ficheiro de código, navegas atéà pasta onde pretendes criar o ficheiro e o XCode cria uma referência automaticamente. Assim podes ter uma organização para a pasta do projeto e outra visível no XCode.
Eu só costumo criar uma pasta "Source" onde coloco todo o código. Não crio referências nem grupos para esta pasta, cada vez que adiciono um ficheiro de código escolho esta pasta e coloco depois o ficheiro no grupo lógico que me interessa. Acho as desvantagens das referências para pastas mais complicadas e raramente (mesmo nunca ) tenho de editar ficheiros fora do XCode, mesmo as imagens vão para o asset bundle por isso não há outros ficheiros a gerir.
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