Muito obrigado pela ajuda e desculpa o trabalho...
segui o teu exemplo e assim funciona na boa. Para ficar mesmo como pretendia era no project navigator em vez de estar em grupos (pastas amarelas), estar como referencia a pastas (pastas azuis). Infelizmente sempre que tento fazer por referência a pastas, ao clicar na seta (viewcontroller) no Main.storyboard, não sou direcionado para o ficheiro viewcontroller.swift e se clicar no assistant editor também não aparece nada. Quanto ao ficheiro Main.storyboard, que também movi para uma subpasta, com a opção grupos funciona, já com referência a pastas no Main Interface nem sequer é reconhecido.
P.S.: os alerta a indicar que os ficheiros estão em falta já não aparece, penso que seja por ter feito uncheck ao source control, na altura de criar o projecto.
De qualquer maneira a forma como indicaste funciona e sempre dá para ter uma estrutura igual tanto no xcode como no Finder.
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