Já consegui resolver o problema para o ficheiro "viewcontroller.swift".
Basicamente, o que fiz foi criar um grupo já com o ficheiro adicionado como no teu exemplo. Depois para passar para "azul" (referenciar pasta) o que fiz foi:
1. selecionei o grupo "viewcontrollers" (pasta amarela) e fui atéà tab "File Inspector" e no ícone com forma de pasta, onde diz "none", indiquei a pasta onde o ficheiro está no sistema (no meu caso, viewcontrollers/viewcontroller.swift")
2. Eliminei o ficheiro que ficou a vermelho
3. importei a pasta "viewcontrollers" e apaguei o grupo
Desta forma não tenho problemas e consigo aceder ao viewcontroller através do main.storyboard e também já abre o editor assistant.
O único problema que estou a ter agora é com o ficheiro Main.storyboard, se fizer o mesmo processo o ficheiro não aparece na Main Interface, e a conexão com o viewcontroller deixa de existir...
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