Desaconselho a utilização do Xcode, ou qualquer outro IDE avançado, para começares a aprender programação. Convém perceberes primeiro como fazer as coisas à mão, e ao mesmo tempo evitas esses problemas sobre se fazes tudo num projecto ou não.
Usa o Terminal (consola) e um editor de texto (como o Sublime Text).
Para cada programa que fizeres deverás usar um ficheiro diferente. Quando começares a ter programas mais complexos, até precisarás de mais ficheiros. Podes criar uma pasta para os ficheiros relacionados com cada programa, mas nesta fase nem deve haver muitos problemas em teres tudo junto.
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