Dás poucos detalhes sobre os requisitos da solução que procuras, pelo que é complicado saber qual a solução mais apropriada, ou sequer as que conseguirás usar.
Com cron e scp rapidamente se implementa qualquer coisa. Uma solução que encontrei há uns tempos, que parece ter bastante popularidade, e tens funcionalidades muito interessantes é o Borg. Tens funcionalidades de deduplicação, compressão, facilidade de recuperação de dados do backup, entre outras.
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