O CentOS também é uma boa opção para servidor.
Quanto a fazer as coisas manualmente, a menos que isso seja para teu próprio uso, se não meteres um painel de controlo vais ter borrada mais cedo ou mais tarde.
Basta pensares na quantidade de procedimentos que vais ter de fazer para abrir uma nova conta/domínio e para a fechar. Estes dois "simples" procedimentos implicam um conjunto significativo de pequenos passos e sem um mecanismo automático algures no tempo alguém se vai esquecer de fazer algo ou vai fazê-lo de forma errada. É garantido!
Já para não falar que um utilizador perde toda a autonomia de criar uma base de dados, criar uma conta de email, trocar a senha de FTP ou ate mesmo saber quanto espaço em disco tem disponível para si.
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