A questão tem a ver com o facto dos ficheiros estarem espalhado por vários blocos/setores do disco.
Há uns anos atrás, terias de fazer uma desfragmentação manualmente, mas há já alguns anos que isso deixou, grosso modo, de ser um problema de performance. Ou seja, mesmo que viesses os ficheiros todos direitinhos no disco, a performance que ias obter não seria perceptível para ti.
Se não tens forma de trocar por um SSD, verifica se tens forma de fazer um upgrade à RAM, ai sim, vais sentir melhorias de performance.
Outra coisa que normalmente melhora, e muito, é remover todo o lixo (entenda-se apps e widgets e afins) que costumam vir a atafulhar as máquinas e cuja utilidade é nula. Tem atenção também aos serviços e aplicações que arrancam com o sistema, podes ter um monte de tralha a correr cuja utilidade é igualmente nula.
Por exemplo, a HP tem a mania de instalar um chorrilho de software que está sempre a correr, quando na verdade apenas necessitas dos drivers. Como a HP existem inúmeros exemplos, o Chrome costumava (não sei se ainda o faz) meter um processo a correr no arranque do sistema. Tens aplicações como CCleaner que te ajudam a ver estas situações, mas tem atenção, até o CCleaner corre algo no inicio!
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