Se bem percebi tens uma storage por trás do Windows e é isso que te dá disco para o MySQL, certo?
Partindo desse principio tens duas camadas, a do Windows, onde o SO faz o que tem a fazer e a da storage, onde efetivamente os dados são guardados. A storage, por sua vez, também pode fazer write cache.
Nessa situação desligaria ambas (pelo que percebo só o do Windows é que ainda está ativo), de forma a "garantir" que os dados são efetivamente escritos, sabendo à priori que mesmo assim uma falha de eletricidade não garante que não se percam dados.
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