Quereres fazer os dois templates é valido, mas provavelmente com bootstrap não precisas repetir tanta coisa.
Vê os exemplos do próprio site: http://getbootstrap.com/getting-started/#examples
Se reparares tem umas classes col-sm-... e col-md-..., ... que fazem o calculo da percentagem dos conteúdos, e é isso que faz com que se redimensione nos vários dispositivos.
Isto deve ser suficiente para a maioria do conteúdo, claro que depois pode haver mais algum ajuste especifico e nesse caso já podes recorrer à tua ideia.
Resumindo: Tenta resolver com o bootstrap a maioria do teu template e conteúdo, o que sobrar faz então as classes especificas.
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