É bem capaz de ser a opção mais fácil e prática. Se tivesse de desenvolver algo nos moldes que indicaste, e com o pouco que deu para entender da cultura/objectivos do projecto na empresa, C# seria uma séria opção, embora pessoalmente (se dependesse apenas da preferência e não de questões técnicas) talvez fosse para PHP.
Se a rede falhar, e se estás a pensar ter um programa feito para ser cliente-servidor, então sim falham. Ser "web" não é muito diferente de ser cliente-servidor em C#/VB.net/Java, se a rede local tiver problemas então nada comunica e ser baseado em tecnologias como HTML e PHP não significa que tenha de estar fora da tua rede ou até partilhado por várias máquinas. Como exemplo, sempre que tenho feito software para quiosques multimédia, estejam ou não ligados em rede, uso PHP+HTML+JavaScript por ser mais simples, rápido e fácil de controlar (para os meus objectivos naturalmente).
Qualquer dos dois IDE permite trabalhar com PHP ou com várias outras linguagens. O IDE não é um problema, sendo que se escolheres C# (ou qualquer baseada em .Net) o NetBeans IDE não é uma opção, não tem suporte.
Essa não é a definição de programação orientada por objectos :D. Mas resumindo:
Com PHP, que é executadono servidor (que não precisa estar na rede, pode ser local), com boas frameworks e linguagem bastante permissiva (podes fazer umas asneiras valentes e enganar-te na sintaxe) e com bastante documentação e exemplos para acesso a MySQL, será fácil desenvolver um sistema como o que pretendes. Terás de usar HTML para fazer a componente gráfica, mas não tens que ir para coisas muito complexas. Não há evolução porque já tens tudo o que precisas para ser distribuído, se implementares controlo de acessos/utilizadores é multiutilizador. É também multiplataforma (Windows, Linux, etc)
C# pode ser mais familiar, será o mais parecido com uma aplicação instalada localmente e será o mais próximo do que tens. Se estás habituado a MS Windows, Visual Studio e se a empresa só trabalha com MS Windows, é uma boa opção. É mais simples e tens mais exemplos de funcionamento com MS SQL do que com MySQL. Ou o desenha de raiz para ser cliente-servidor ou terás de reescrever quando quiseres colocar a base de dados noutro local e teres acessos remotos.
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