Basicamente, a diferença entre Isenção e Não sujeição (também chamadas isenções completas) tem a ver com a possibilidade de deduzir o IVA quando se adquire os materiais.
Por exemplo, um médico, quando fatura é isento pelo artigo 9º, mas em contrapartida não tem direito a deduzir o IVA que paga aos seus fornecedores quando compra os materiais necessários ao desenvolvimento da sua atividade.
Já quando é uma operação não sujeita, como no caso do trespasse de um estabelecimento, não tem IVA, mas o vendedor entretanto terá deduzido o IVA das coisas que está a trespassar (por isso se chamar uma isenção completa).
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